Organi Asocijacije su:

• Skupština
• Upravni odbor
• Nadzorni odbor

Skupština je najviši organ upravljana i svi članovi Asocijacije su i članovi Skupštine. Većinom glasova, na sednici na kojoj prisustvuje najmanje polovina svih članova, Skupština Asocijacije donosi odluke. U toku jedne školske godine, prema Statutu KgPSA, mora se održati bar jedna sednica Skupštine.

Upravni odborje izvršni organ Skupštine i čine ga Predsednik, Sekretar i Blagajnik Asocijacije. Predsednik predstavlja Asocijaciju, vodi najznačajnije projekte i širi članstvo. Generalni sekretar vodi zapisnik sa sednica Skupštine i Upravnog odbora i vodi evidenciju o članstvu, a Blagajnik je dužan da obavlja sve poslove u vezi sa finansijama Asocijacije.

Nadzorni odbor se sastoji od tri člana, koja bira Skupština Asocijacije, i vrši kontrolu nad radom Asocijacije.

Realizaciju projekata i kontakt sa nacionalnom, evropskom i svetskom federacijom studenata farmacije, obavljaju koordinatori, koje iz redova Skupštine Asocijacije bira Upravni odbor Asocijacije.

Koordinatori

• Twinnet koordinator
  Koordinira EPSA Twinnet projektom na lokalnom nivou
• Local Exchange Officer (LEO)
  Koordinira IPSF Student Exchange Project na lokalnom nivou
• Local Individual Mobility Project Officer (LIMPO)
  Koordinira EPSA IMP na lokalnom nivou
• Data Analyst
  Jednom godišnje sprovodi anketu "Evaluacija Farmaceutskog Kurikuluma" (EFK)
• Lokalni Koordinator Javnog zdravlja
  Koordinira kampanje Javnog Zdravlja na lokalnom nivou
• Lokalni EDU Koordinator
  Koordinira edukativnim projektima na lokalnom nivou