Skupština, Upravni odbor i lokalne kancelarije čine osnovu strukture NAPSer-a.

Skupština predstavlja najviši organ upravljanja NAPSer-om, a čine je po tri predstavnika iz svake lokalne kancelarije koja je punopravna članica. Lokalne kancelarije svoje predstavnike u Skupštinu NAPSer-a delegiraju samostalno, a mandat članova Skupštine traje godinu dana.
Skupština donosi odluke najvišeg nivoa i pomaže Upravnom odboru da vodi NAPSer u skladu sa Zakonom i zvaničnim dokumentima organizacije a u cilju kontinuiranog napredovanja.

Upravni odbor predstavlja izvršni organ koji upravlja NAPSer-om. Članove Upravnog odbora bira Skupština. Čine ga najmanje tri osobe koje obavljaju funkcije Predsednika, Generalnog sekretara i Blagajnika. Mandat članova Upravnog odbora traje godinu dana.

Obaveza Upravnog odbora je da obezbedi kontinuirano napredovanje i razvoj NAPSer-a i da u skladu sa potrebama unapredi i podržava aktivnosti koje lokalne kancelarije sprovode a koje su sažete u ciljevima NAPSer-a.

Lokalne kancelarije su predstavništva NAPSer-a pri pojedinačnim fakultetima u našoj zemlji na kojima postoji obrazovni profil Farmacija. Kroz lokalne kancelarije NAPSer svoje projekte i druge aktivnosti čini podjednako dostupnim svim studentima farmacije u Srbiji.

Lokalna kancelarija može da bude organizacija registrovana u nadležnom ministarstvu čije članstvo čine isključivo studenti farmacije a koja pri tome ispunjava i druge uslove propisane Pravilnikom o prijemu lokalne kancelarije. Na jednom fakultetu može da postoji samo jedna lokalna kancelarija.